Управление школой осуществляется в соответствии с Законом Российской Федерации «Об образовании в РФ» и Уставом школы на принципах демократичности, открытости, приоритета общечеловеческих ценностей, охраны жизни и здоровья человека, свободного развития личности. В соответствии с основными задачами школы выстраивается система управления образовательным процессом:

Высший уровень управления

Учредитель – Администрация с.Рутул Рутульский район Глава МР "Рутульский район" - Ибрагимов Ибрагим Гусейнович 

Управление образования  МО "Рутульский район"  начальник управления образования Ахмедбеков Ферман Амруллахович

Первый уровень управления

·         Директор школы: Гаджиева Рукуят Абдулманафовна

·         Педагогический совет

·         Попечительский Совет школы

Второй уровень управления

·         заместитель директора по УВР: Ибрагимов Сиражидин Магомеднебиевич 

·         заместитель директора по ВР: Османова Имара Алиевна

·         заместитель директора по ХЧ: Омаров Ивес Омарович 

Третий уровень управления

·         Школьные МО учителей

·         Библиотекарь

·         Комиссия по трудовым спорам

Четвёртый уровень управления

·         Учителя, педагоги дополнительного образования, классные руководители

·         Ученические классные объединения

·         Классные родительские комитеты

·         Родители